Berdasarkan PMA Nomor 19 Tahun 2019 Tentang Organisasi dan Tata Kerja Instansi Vertikal Kementerian Agama, Kantor Wilayah Kementerian Agama Provinsi Nusa Tenggara Timur merupakan unit eselon II yang dipimpin oleh Kepala Kantor Kementerian Agama Provinsi Nusa Tenggara Timur. Adapun struktur organisasi Kantor Wilayah Kementerian Agama Provinsi Nusa Tenggara Timur yaitu:

1. Bagian Tata Usaha
   1. Subbagian Perencanaan, Data, dan Informasi
   2. Subbagian Keuangan dan Barang Milik Negara
   3. Subbagian Kepegawaian dan Hukum
   4. Subbagian Organisasi, Tata Laksana, dan Kerukunan Umat Beragama;
   5. Subbagian Umum dan Hubungan Masyarakat
   6. Kelompok Jabatan Fungsional
2. Bidang Pendidikan Islam
3. Bidang Haji dan Bimbingan Masyarakat Islam
4. Bidang Bimbingan Masyarakat Kristen
5. Bidang Urusan Agama Katolik
6. Bidang Pendidikan Katolik
7. Pembimbing Zakat dan Wakaf
8. Pembimbing Masyarakat Hindu
9. Pembimbing Masyarakat Buddha
10. Kelompok Jabatan Fungsional