Kepemimpinan Kantor Wilayah Kementerian Agama Provinsi Nusa Tenggara Timur sejak terbentuk sampai dengan sekarang terbagi dalam 3 periode besar yakni periode dengan nomenklatur Perwakilan Departemen Agama, periode dengan nomenklatur Kantor Wilayah Departemen Agama, dan periode Kantor Wilayah Kementerian Agama.

1. Pada periode dengan nomenklatur perwakilan Departemen Agama.

    Pada periode ini, Departemen Agama Nusa Tenggara Timur dipimpin oleh tiga orang Kepala Perwakilan      

    dari tahun 1968 sampai dengan 1981 yakni :

1. Abdusyukur IB (1968 - 1969)

Abdul Syukur ID ditunjuk sebagai pejabat sementara (Pjs) Kepala Perwakilan Departemen Agama Provinsi NTT tanggal 8 Januari 1968 sesuai Surat Keputusan Gubernur Kepala Daerah Provinsi NTT Nomor : 539/UP22/I/46 yang kemudian ditetapkan dengan Surat Keputusan Menteri Agama RI tanggal 26 Maret 1968 Nomor : BV/3.14/1372 sekaligus mensahkan  Surat Keputusan Gubernur Kepala Daerah Provinsi NTT.

Beliau tercatat sebagai orang pertama yang menjabat sebagai Kepala Perwakilan Departemen Agama Provinsi Nusa Tenggara Timur sesuai KMA Nomor 91 Tahun 1967 tentang Perubahan Struktur Organisasi Departemen Agama yakni penggunaan nomenklatur Perwakilan Departemen Agama Provinsi maupun Kabupaten.

2. Jan Kiapoli (1969 - 1974)

3. V. Soekirman (1974 - 1981)